Červené seznamy slouží jako teoretické podklady k ochraně genofondu. Stanovují stupeň ohrožení jednotlivých druhů na základě současných vědeckých poznatků.

Červené seznamy stanovují stupeň ohrožení jednotlivých druhů (rostlin i živočichů) na základě současných vědeckých poznatků. První druhovou ochranou rostlin v Evropě byl zákaz sběru protěže alpské v roce 1881 v Salcburku, v roce 1976 se objevil seznam ohrožených druhů pro celou Evropu autorů Lucas a Walters. V našich zemích vyšel v roce 1921 oběžník Zemské správy politické v Praze o ochraně květeny, který byl prvním seznamem chráněných druhů rostlin pro Čechy. Pro Moravu a Slezsko podobné seznamy vznikly v roce 1922. Červené seznamy ohrožených druhů jsou stále zpřesňovány podle nových poznatků a změn probíhajících v krajině, protože s probíhajícími změnami v krajině se může měnit i ohrožení toho kterého druhu. Poslední verze pro Českou republiku vyšla v roce 2001, publikace je rozčleněna na tzv. černý seznam a červený seznam. Černý seznam zahrnuje tři kategorie: A1 druhy vyhynulé (IUCN: EX -extinct), které nebyly zjištěny po dobu 25-50 let A2 nezvěstné neboli pravděpodobně vyhynulé (IUCN: ?EX), které nebyly nalezeny více než 20-30 let A3 nejasné případy nezvěstných a vyhynulých (IUCN: ?EX?) Červený seznam zahrnuje čtyři kategorie:

• C1 kriticky ohrožené druhy (IUCN: critically endangered, CR), velmi vzácné a velmi ohrožené druhy, zpravidla jen na 1-5 lokalitách
• C2 silně ohrožené (IUCN: endangered, EN), druhy s prokazatelným a trvalým ústupem
• C3 ohrožené druhy (IUCN: vulnerable, VU), druhy se slabším, ale trvalým ústupem
• C4 vzácnější taxony vyžadující další pozornost
• C4a vzácnější taxony vyžadující další pozornost – méně ohrožené (IUCN: lower risk LR)
• C4b vzácnější taxony vyžadující další pozornost – nedostatečně prostudované (IUCN: data deficient DD)

Zvláště chráněné druhy rostlin podle Vyhlášky 395/1992 Sb. (prováděcí vyhláška zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny) jsou členěny také na druhy kriticky ohrožené, silně ohrožené a ohrožené. Vyhláška a Červený seznam se ale liší - Červený seznam je rozsáhlejší, zahrnuje i druhy, které ve Vyhlášce nejsou, některé druhy rostlin byly podle nejnovějších poznatků přeřazeny do jiné (vyšší či nižší) kategorie než mají přiřazenou ve Vyhlášce. Seznam cévnatých druhů rostlin zařazených do Červeného seznamu (F. Procházka (ed.) 2001: Červený a černý seznam cévnatých rostlin České republiky (stav v roce 2000), Příroda, Praha, ISBN 80-86064-52-2) najdete ve článcích Červený seznam C1, C2 a Červený seznam C3, C4, fotografie rostlin jsou ve fotogaleriích Červený seznam C1, C2 a Červený seznam C3, C4. Červený seznam.